平成19年4月1日より前に設立された医療法人(持分あり)の理事長先生へ

その出資持分、後継者を苦しめる『隠れ負債』になっていませんか。

全国の医療法人の約6割が、いまも「持分あり」のまま※2。国の税制優遇「認定医療法人制度」の認定申請期限は令和11年(2029年)12月31日※5——対策の検討は、年単位の準備を要します。

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CHECK

このページは、こんな先生のためのものです

  • 医療法人の設立が平成19年(2007年)3月以前だ
  • 経営は順調で、利益の内部留保が積み上がっている
  • 持分の評価額を、一度も試算したことがない
  • 後継者は決まっていない、または決まっているが持分対策は未着手
  • 顧問税理士とは日常の税務が中心で、承継の話はしていない
問題の構造

なぜ、成功の証が『隠れ負債』になるのか

院長先生が心血を注ぎ、大きな価値を築き上げてこられた医療法人。その成功の証であるはずの「出資持分」が、なぜ『隠れ負債』となり得るのか。経営が順調であるほど持分の評価額は膨らみます。医療法人は配当が禁止されているため利益が内部留保として積み上がり、持分は「換金しにくい資産」であるにもかかわらず、税務上は非上場株式に準じて「高額な資産」と評価される——この致命的なギャップが、承継の重大な課題です。※1

『隠れ負債』が生まれる仕組み
配当が禁止されている医療法人の制度
利益が内部留保として蓄積
持分の評価額が高騰
相続時に高額課税・払戻請求リスク
約6

全国の医療法人のうち、いまだ「持分あり」(経過措置型)の割合。約3.6万法人※2

最高55%

相続税の最高税率※3

約7

持分なし医療法人へ移行した法人のうち、国の「認定医療法人制度」を活用した割合※4

※1 厚生労働省「『持分なし医療法人』への移行に関する手引書」(令和8年3月改訂)、国税庁財産評価基本通達194-2より

※2 令和6年度末時点。厚生労働省「令和8年度税制改正の概要(厚生労働省関係)」より

※3 法定相続分に応ずる取得金額6億円超の部分。国税庁タックスアンサーNo.4155

※4 平成30年度〜令和6年度の移行実績1,388法人のうち983法人。※2と同資料より

持分あり医療法人では、社員の退社や死亡の際、定款の定めにより出資額に応じた払戻し等を請求される可能性があり、評価額が大きく膨らんでいる場合、その払戻請求や課税は医業継続の大きなリスクとなり得ます※1

取り得る選択肢

では、どうすれば良いのか? — 取り得る3つの選択肢

選択肢1

計画的な『資金準備』

万一の相続時に、後継者やご家族が納税・分割資金に窮することのないよう、財務的な備えを万全にするアプローチです。

選択肢2

計画的な『評価額コントロール』

役員退職慰労金なども活用しながら持分の評価額を計画的に引き下げ、将来の税負担を軽減するアプローチです。

選択肢3

『持分なし医療法人』への移行(認定医療法人制度の活用)

国の認定を受けて持分なしへ移行すれば、一定の要件のもと、持分放棄に伴う医療法人への贈与税が課されず、相続人の相続税も納税猶予・免除の対象になります。※6 同族経営はそのまま維持できます。認定申請の期限は令和11年12月31日、移行後6年間は運営に関する要件を満たし続ける必要があります。※7

※6 租税特別措置法等に基づく特例。適用には担保提供・期限内申告等の要件があります。個別の税務は税理士等にご確認ください。

※7 役員報酬の適正化など運営の適正性に関する要件(運営方法5項目+事業状況4項目)。詳しくは無料相談でご説明します。

制度の要点

国の税制優遇『認定医療法人制度』——ただし、期限と要件があります

認定申請の期限

令和11年(2029年)12月31日※5

移行完了は認定日から最長5年以内※5。対策には年単位の準備を要します。

認定申請の期限
令和11年(2029年)12月31日※5
移行完了
認定日から最長5年以内※5
税制優遇
一定の要件のもと、①相続人の相続税の納税猶予・免除、②出資者間のみなし贈与税の納税猶予・免除、③持分放棄に伴う医療法人への贈与税の非課税※6
要件の維持
移行後6年間、役員報酬の適正化など運営の適正性に関する要件(運営方法5項目+事業状況4項目)を満たし続ける必要があります。満たせなくなった場合、認定が取り消され猶予税額の納付が必要になることがあります※7
実績
持分なしへ移行した法人のうち約7割がこの制度を活用しています(平成30年度〜令和6年度実績)※4

「制度が使えるか」「使うべきか」は、法人の状況によって全く異なります。まずは現状把握から始めてください。

※4 平成30年度〜令和6年度の移行実績1,388法人のうち983法人。※2と同資料より

※5 厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について」(令和8年4月1日更新)より

※6 租税特別措置法等に基づく特例。適用には担保提供・期限内申告等の要件があります。個別の税務は税理士等にご確認ください。

※7 役員報酬の適正化など運営の適正性に関する要件(運営方法5項目+事業状況4項目)。詳しくは無料相談でご説明します。

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FAQ

よくあるご質問

もちろんです。日常税務と承継対策は専門領域が異なります。顧問税理士の先生と連携しながら進めるケースも多くあります。
評価額の引き下げや退職金の設計など、対策の多くは年単位の時間を要します。予定が決まる前の今こそ、選択肢が最も多い時期です。
運営の適正性に関する要件は専門的な確認が必要です。無料相談で現状をお伺いし、制度活用の可能性を一緒に整理します。
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